但如果奶牛生病是可以用抗生素来治疗的。在治疗期间，奶牛不会进行生产，并且为了确保抗生素已经排出体外，还会再“休息”3-4天。 不同种类的牛之间可能会有不同，但可以肯定的是当这段时间结束时，所有的抗生素残留物都已经完全被排出体外。 谁能保证?在加拿大，奶制品业界有多个不同等级的测试，为的就是确保所有奶制品都没有抗生素。
在奶牛结束治疗时期准备重新进行生产前，奶农会对牛奶进行测试。
负责运输的卡车司机会再次对所有牛奶进行测试。 一旦通过，加工厂会再次进行检测。 如果抗生素在任何一个环节被检测出来，这一整批的牛奶都会被丢弃，之前的样品会被用来辨别来源。
任何给加工厂提供被污染奶源的农场会被罚款，而且有义务承担检测牛奶以及丢弃牛奶的所有费用，达上千加币。而且直到问题被解决，整个农场才能恢复生产，这也会给农场带来更多的损失。 作为加拿大奶农协会成员之一的曼尼托巴省农场主David Wiens表示，这对农场是很大的打击，农场主非常在意这个，所以农场会确保这些事情不会发生。 此外，BC省农业部还会对奶制品进行抽查。 奶牛没生病的时候会用抗生素吗?农场主不能为了提升奶牛的健康状况或者产量而在饲料中加入抗生素。
抗生素只能被用在生病的奶牛上。农场主不需要事先请教兽医，可以自行诊断来决定治疗方法，但需要把此次治疗进行永久性记录。加拿大食品安全系统会对记录进行管制，兽医会定期检测牛群，也会对记录进行检查。 加拿大生产的牛奶是否有使用激素?加拿大卫生部不允许为了提升牛奶产量或者生长而使用激素。 为了提高牛奶产量，美国农场可以使用牛生长激素，但这在加拿大是不被允许的。
个别激素被允许用来同步牛的发情期，但这只针对个别牛，而且需要在兽医的指引下使用。 在治疗期间，奶牛生产的牛奶只能是普通牛奶，不能是有机牛奶。 所以到底什么是有机牛奶?有机奶牛生病的时候，一样可以用抗生素进行治疗，但被移出生产线的时间会更长一些，最少2周，是普通等待期的两倍。
而且如果奶牛在一年之内被用抗生素治疗超过一次，就永远不能再生产有机牛奶，而只能生产普通牛奶。 最主要的不同在于，有机奶牛的饲料是有机饲料。这这些饲料在生长的时候不能使用合成的杀虫剂、除草剂、杀菌剂或者肥料以及转基因生物。 除了对有机饲料的要求外，对于有机奶牛还有动物福利上的要求，包括拥有更广阔的牧草并且在使用电击训练设备上有所限制。 营养价值上有不同吗?许多支持有机农场的人认为，户外放牧可以使奶制品更有营养价值。但在奶制品业界，这种不同是否足够显著并对人类健康产生影响仍然不能确定。
新鲜牧草喂养也许会导致营养物质上的些许不同，但与有机过程并不相关。 所以这就意味着，消费者要自行决定有机牛奶的高价格是否值得了。
